Министерство сельского хозяйства(МСХ)
Общее руководство проектом, координация деятельности институтов, подведомственных МСХ, обеспечение их финансирования, подготовка предложений по развитию фермерских хозяйств в законодательные органы.

Комитет лесного и охотничьего хозяйства
Участие в работе национального координационного комитета, усиление режимов охраны дикоплодовых насаждений на особо охраняемых природных территориях и в лесных хозяйствах.

Министерство охраны окружающей среды
Участие в работе национального координационного комитета, подготовка предложений в законодательные органы по проблеме сохранения и управления агробиоразнообразием, улучшение связей между исполнителями проекта, фондами, и международными организациями.

Министерство образования и науки(МОН)
Участие в работе национального координационного комитета, координация деятельности научно – исследовательских институтов (НИИ), подчиненных МОН, финансирование их научных программ по сохранению и использованию генетических ресурсов растений.

Национальная академия наук
Формирование научных программ по сохранению биоразнообразия, включая генетические ресурсы плодовых растений, экспертная оценка результатов выполненных работ.

Академия сельскохозяйственных наук
Огранизатор-исполнитель проекта, совершенствование методик обследования и оценки уровня биоразнообразия, определение поартнеров, создание национального тренинг-центра, повышение квалификации исполнителей проекта, организация курсов обучения английскому языку, пользования компьютером и Интернетом, проведение семинаров, конференций и других организационных мероприятий, включая вопросы финансирования.

Территориальные управления Министерства сельского хозяйства и Министерства охраны окружающей среды, Управления сельского и лесного хозяйства Алматинской, Жамбылской, Южно-Казахстанской областей
Оценка изучения текущей ситуации по сохранению генетических ресурсов плодовых растений, выбор участков для закладки демонстрационных опытов и реализации проекта, совершенствование управления фермерскими хозяйствами и лесхозами, участие в работе местных многофункциональных комитетов, распространение передового опыта.

Казахский НИИ плодоводства и виноградарства
Оценка распространения и степени разнообразия местных и стародавних сортов плодовых культур и винограда на основе комплексного обследования садов Юго-Востока Казахстана, разработка рекомендаций по сохранению перспективных сортов, по методам их размножения и использования в селекции, по технологии возделывания плодовых культур и винограда, содействие в организации питомников и демонстрационных участков, пропаганда достижений плодоводства и виноградарства, издание рекомендаций, буклетов, информационных листков, организация областных и районных выставок и семинаров, создание видеофильмов.

Казахский национальный аграрный университет
Оценка распространения и степени разнообразия груши, разработка рекомендаций по технологии выращивания перспективных сортов груши. Разработка учебных материалов и программ, проведение семинаров, пропаганда достижений науки.

Институт ботаники и фитоинтродукции
Изучение генофонда диких плодовых растений и оценка их биоразнообразия, разработка рекомендаций по сохранению ценных форм плодовых растений в природных экосистемах и в условиях культуры, по проведении лесовосстановительных работ. Проведение семинаров и разъяснительной работы в лесхозах.

Институт биологии и биотехнологии растений
Оценка уровня биоразнообразия плодовых растений с использованием современных методов генетики: хромосомного анализа, ДНК-маркеров, белковых и изоферментных маркеров; создание базы данных по местным сортам и дикоплодовым растениям, создание коммуникационной сети и установление связи между партнерами.

Казахский научно-исследовательский институт экономики и развития сельских территорий
Социально-экономическая оценка состояния фермерских хозяйств, разработка механизма распределения выгоды/прибыли между партнерами, выработка предложений по законодательству, создание ассоциации фермеров, проведение региональных тренинг-курсов.

Юго-Западный научно-исследовательский институт сельского хозяйства
Институт разрабатывает технологию возделывания плодово-ягодных культур и винограда применительно к почвенно-климатическим условиям Южного Казахстана. Выполнение работ по оценке распространения агробиоразнообразия плодовых культур и винограда.